Vodikov peroksid prehrambene kvalitete je visokoučinkoviti dezinficijens širokog spektra po redu dezinficijensa. Budući da ne ostavlja štetne ostatke nakon dezinfekcije i sterilizacije, postala je sigurna, zelena i zdrava hrana.
Hidroksilne molekule u vodikovom peroksidu prehrambene kvalitete i njegovim derivatima mogu izravno djelovati na vanjsku strukturnu membranu bakterija, uništavajući barijeru propusnosti bakterija i uništavajući sustav ravnoteže materijala unutar i izvan bakterija i uzrokujući smrt. Slobodne hidroksilne molekule vodikovog peroksida mogu izravno reagirati s proteinima i nukleinskim kiselinama mikroorganizama, uzrokujući uništenje njihove strukture i dovesti do smrti.
Istraživanja su također otkrila da proizvodi razgradnje vodikovog peroksida mogu inhibirati bakterijski enzimski sustav i reagirati s aminokiselinama u lancu enzimskih proteina.